Funkcija samočišćenja menja polarnost elektrode u odabranom vremenskom intervalu. Tokom samočišćenja elektrode, hlor se i dalje proizvodi. U slučaju nestanka struje, Saltwater sistem memoriše poslednja podešavanja (polarnost) kao i vreme rada koje je proteklo. Nakon ponovnog pokretanja proizvoda funkcija se nastavlja u već započetom ciklusu.