Funkcija samočišćenja mijenja polaritet elektrode za odabrani interval. Tijekom samočišćenja elektrode, klor se i dalje proizvodi. U slučaju nestanka struje, sustav slane vode pamti posljednje postavke (polaritet) i vrijeme koje je bio u radu, te kada se napajanje obnovi, program samočišćenja nastavlja već započeti ciklus.