Funkcija samočiščenja spremeni polarnost elektrode v intervalu, ki ga izberete. Med funkcijo samočiščenja elektrode se klor še naprej ustvarja. Če pride do izpada električne energije, si solinator zapomni zadnjo nastavitev (polarnost) in čas delovanja, po ponovni vzpostavitvi električne energije pa se program samočiščenja (sprememba polarnost) nadaljuje z že začetim ciklom.