Salinatorul este echipat cu un temporizator care funcționează automat. Odată ce a fost programat numărul dorit de ore și ciclul de funcționare este complet, sistemul va reveni automat la lucru pentru aceeași perioadă de timp în ziua următoare. Este esențial ca și pompa de filtrare să fie setată corect, adică să fie pornită înainte de sistemul salinator și ca filtrarea să fie oprită după terminarea ciclului sistemului salinator. Fără filtrare pornită, sistemul salinator nu va funcționa.