Η λειτουργία αυτοκαθαρισμού αλλάζει την πολικότητα του ηλεκτροδίου σε διαστήματα που εσείς επιλέγετε. Κατά τη διάρκεια της λειτουργίας αυτοκαθαρισμού του ηλεκτροδίου, το χλώριο συνεχίζει να δημιουργείται. Εάν διακοπεί η παροχή ρεύματος, ο χλωριοποιητής θυμάται την τελευταία ρύθμιση (πολικότητα) καθώς και το χρόνο λειτουργίας και όταν αποκατασταθεί η παροχή ρεύματος, το πρόγραμμα αυτοκαθαρισμού (αντιστροφή πολικότητας) συνεχίζεται στο πρόγραμμα που είναι ήδη φορτωμένο.